Os recursos disponibilizados para a infraestrutura do NP-BioMar resultaram na aquisição de equipamentos de laboratório, uma embarcação de médio porte, adequada para atividades de amostragem de habitats costeiros e coleta de organismos marinhos, e no desenvolvimento do projeto de construção de um centro de instrumentação e pesquisa com laboratórios multiusuários, salas de aulas, estudo e reunião, garagem para embarcações, área de serviço de mergulho autônomo, vestiários e outras dependências.

O novo laboratório será edificado em uma área urbanizada dentro do CEBIMar-USP, tendo sido concebido de maneira a interferir o mínimo possível no entorno, mantendo intacta a cobertura vegetal e priorizando o aproveitamento da ventilação e sombreamento naturais característicos do local, em harmonia com a Área de Relevante Interesse Ecológico de São Sebastião (ARIE CEBIMar), que visa a proteger e disciplinar o uso racional dos recursos ambientais da região.

À infraestrutura planejada soma-se a existente no Centro, disponibilizada aos pesquisadores associados e discentes relacionados ao NP-BioMar, em condições diferenciadas para o desenvolvimento de seus trabalhos.